La Fundación tiene un modelo de gobernanza ordinario similar en casi todas las fundaciones universitarias del sector público, con un Patronato, un Comité Ejecutivo y una Dirección General, que trabajan coordinadamente para mejorar la gobernanza del día a día de la FUAM.
Los miembros del Patronato y del Comité Ejecutivo de la FUAM no perciben ningún tipo de emolumentos algunos (retribución, gastos suplidos o dietas) por las actividades y funciones que desarrollan.
Realiza las labores de Gobierno de la Fundación, administración y representación, marcando el camino a seguir y la planificación de actividades.
El Patronato cuenta con destacadas personalidades de la sociedad, las administraciones y la dirección de empresas públicas y privadas y de personas destacadas de distintas ramas del saber, del arte y la ciencia, entre las que se incluyen personas que ocupan o han ocupado los más altos niveles de gobierno de la UAM.
Realiza las labores de gobierno y administración de la Fundación, derivadas de las decisiones adoptadas por el Patronato que incluyen el cumplimiento de las obligaciones que corresponden a la figura jurídica de la Fundación, como son la relación con el Protectorado.
El Comité Ejecutivo tendrá delegadas permanentemente todas las facultades enumeradas en el artículo 7, con excepción de la aprobación de los Presupuestos, las Cuentas Anuales y de los Planes de actuación, la modificación de los Estatutos, la fusión, la extinción y la liquidación de la Fundación, así como de la realización de aquellos actos que requieran la autorización del Protectorado.